ジェイアール東日本企画、小学館集英社プロダクション、タカラトミーの３社が共同で立ち上げた、実在の新幹線がロボットに変形するキャラクターコンテンツ「新幹線変形ロボ シンカリオン」を原作とするTVアニメの劇場版。シンカリオンの運転士として様々な敵と戦い、日本の平和と安全を守ってきた速杉ハヤトら子供たちが、次世代型シンカリオン“ALFA-X”や、時空を超えてやってきた謎の少年と協力して宇宙最強の敵に立ち...向かう。ゲスト声優は伊藤健太郎と吉田鋼太郎。TVシリーズに引き続き「SHOW BY ROCK!!」の池添隆博が監督を務める。 かつて地球に住んでいた種族キトラルザスの子孫が、謎の機械兵器ヴァルドルと共に宇宙から襲来。ハヤトらチームシンカリオンは彼らと交戦するが、ハヤトの父ホクトが突然行方不明になってしまう。動揺するハヤトたちだったが、ホクトが消えた現場に突如謎の少年が出現。その少年は、なんと光の粒子によりタイムスリップしてきた９歳のホクトだった。やがて、地球を守り元の世界に戻ることを決意した少年ホクトは、超進化研究所が秘密裏に開発していた最新鋭のシンカリオン“ALFA-X”の運転士になる。ハヤトは少年ホクトや全国各地から集結したシンカリオンと共に、家族と未来を守るべく宇宙最強の敵に戦いを挑む。
かつて地球に住んでいた種族キトラルザスの子孫が、謎の機械兵器ヴァルドルと共に宇宙から襲来。ハヤトらチームシンカリオンは彼らと交戦するが、ハヤトの父ホクトが突然行方不明になってしまう。動揺するハヤトたちだったが、ホクトが消えた現場に突如謎の少年が出現。その少年は、なんと光の粒子によりタイムスリップしてきた９歳のホクトだった。やがて、地球を守り元の世界に戻ることを決意した少年ホクトは、超進化研究所が秘密裏に開発していた最新鋭のシンカリオン“ALFA-X”の運転士になる。ハヤトは少年ホクトや全国各地から集結したシンカリオンと共に、家族と未来を守るべく宇宙最強の敵に戦いを挑む。